上海中医学院中药系建立于1972年，1996年改名为上海中医药大学中药学院。学院以培养德、智、体、美、劳全面发展的高级中医药专门人才和管理人才为宗旨，坚持以教学科研为中心，实施产学研一体化的办学模式。建院以来为国家培养了各层次中药专门人才，其中许多人已成为各级各类医药企事业单位的骨干力量。现有教学科研人员近百人，其中硕士以上学历教师超过全院教职员工总人数的90%。
  中药学院分别于1981年和1986年被国务院学位委员会确定为中药学硕士和博士学位授予单位，为全国首批授予点之一。在教育部第四次学科评估中，中药学学科列“A+”档，彰显学科建设基础和实力。学院现有中药学博士点，中药学、方剂学、药理学、药剂学、生药学和中药学专业硕士点，设置本科专业有四年制中药学专业、四年制中英合作办学药学专业专业。目前在读硕士生、博士生近250名，本科生超过800名。学院依托全国一流学科的优势资源，陆续建设了天目山野外见习基地、益大本草园实践基地等野外见习基地，上海养和堂中药饮片公司等教学实践基地及中药制药实践教学联合中心，以及包括上海中医药大学附属龙华医院、中山医院、瑞金医院等多家医院药学实习基地，并建设了包括中科院上海药物研究所、上海食品药品检验所等在内的多个高水平科研机构定点合作的毕业专题实习基地。另一方面，学院不断推进各层次国际合作项目，与英国伦敦都市大学、加拿大英属哥伦比亚大学、巴黎笛卡尔大学、新西兰奥克兰大学等进行合作，大力支持教师出国进修、学生交流访学项目，提高师生跨文化交流能力。
  根据学校发展规划，中药学院将紧密围绕学校高水平大学、双一流大学建设目标，进一步加强内涵建设，推进产学研结合，提高办学质量，发挥学科优势，为国家医药事业的繁荣发展作出贡献。