中药学院拥有中药创新药物研发上海高校工程研究中心、创新中药实验室、药理实验室、药剂实验室、化学实验室和方药实验室，共6个实验室。位于上海中医药大学1号楼与2号楼内。总共26个实验室内设有各类实验仪器，供学院各实验室科学研究使用。学院已建成较完善的实验室服务系统，各实验室都汇聚了各学科的特点特色，形成了专业的科研氛围。

药理、药剂、化学、方药实验室由对应教研室管理维护，中药创新药物研发上海高校工程研究中心以徐宏喜教授为主任，拥有一支具有国际领先水平的专业课题组，而创新中药实验室在黄诚教授的领导下也取得了许多科学成果。各实验室以“资源共享，共同发展”为基本原则，不断引进先进仪器，培养各科专业人才，逐步成为学院科研工作的重要支撑。目前学院共有仪器设备200余套，有效地辅助药物研究和新药研发，例如快速中压制备系统、高效液相色谱仪、多管旋涡振荡器、中压制备色谱仪、隔膜泵、体视显微镜、双色红外激光成像仪、荧光定量PCR仪、流式细胞仪、制备液相色谱仪、半制备液相色谱仪、自动细胞计数仪等等。大部分设备都实现了规范管理，合理运用，有效地提高了设备的利用率。

学院拥有较完备的仪器设备，结合规范化的管理，实现了资源共享，较好的满足了各实验室的科研需求，为学院科研力量的提升起到了关键作用，同时也为学院长期的发展提供了强而有力的保障。